Църквата “Св. Стефан” или т.н. “Нова Митрополия” е изградена в периода ХІ-ХІІІ век. В ХVІ век тя е удължена на запад, а в ХVІІІ век е добавен притвор. По план църквата представлява трикорабна базилика. Средният кораб се извисява над страничните и е увенчан от изток и запад с овални фронтони. Църквата е построена от каменни блокове и тухли. При строителството й са преутребени множество архитектурни елементи корнизи, капители, релефи от разрушени по-рано християнски сгради.

Първоначално църква с името на Свети Стефан се е намирала на носа на несебърския полуостров, но след като пропада в морето, то “Новата Митрополия”, имаща дотогава за патрон Пресветата Богородица, става приемник на името на Светеца. Църквата “Св. Стефан” се явява като един от редките паметници в нашата страна с добре запазени стенописи от ХVІ ХVІІІ в.

Датата на изписването е отбелязана в ктиторски надпис, над южната врата на наоса 1599 година. Църквата е била посветена на Богородица. Тематически всички сцени в църквата са свързани със Светата майка, която осъществява връзката между човека и Христос. Идеята за застъпничеството на Богородица за човека пред Христос е показана в многобройните сцени от цикъла “Чудесата на Христос” рисувани предимно в централния кораб.

Изобразени са над 1000 фигури в 258 композиции: “Богородица с Христос Младенец на трон”, химна на Богородица “За теб се радва..”, “Успение Богородично”, “Въведение Богородично в храма”. Сцените от чудесата на Христос са дадени в цяла поредица според евангелските легенди: Христос изцерява душевно и физически болните, възкресява мъртвите, укротява бурята в морето, спомага за богатия улов на риба и други. Много са лечебните сюжети, което се обяснява с прочутите лековити свойства на несебърския плаж. Представени са доста житейски сцени на светците Йоан Богослов, Йоан Кръстител и др.