Сарафово възниква в периода 1912 - 1922 г.. Първите му жители са заселници - бежанци от Одринска Тракия.

От 28.08.1922 г., селището получава статут на самостоятелна единица, в рамките на Поморийска околия, като през 1929 г. получава днешното си наименование на името на инж. Сарафов. Според него още при първия му оглед на местността са забелязани всички преимущества на бъдещото селище - от едната страна е мерата и черноземните почви, а от другата страна морето. Учудващо е, че 40-50 години преди реалното развитие на туризма инж. Сарафов е предвиждал новосъздаденото селище в бъдеще да стане туристически курорт и проектирал отлична инфраструктура на Сарафово - широки и прави улици и тротоари, няколко градински парка и училище.

От 12.11.1987 г. с решение на Държавен Съвет, селището е включено към Бургас и се превръща в негов квартал.